领导干部任期经济责任审计开展以来，广大审计人员进行了认真学习，积极实践，取得了较好的效果。但由于领导干部任期经济责任审计刚刚开展，还没有形成一套自己的体系，使得有些审计人员认为，领导干部任期经济责任审计其实就是财政财务收支审计，或者说本质上没有区别，因而对领导干部任期经济责任审计不很认同，在审计中仍按财政财务收支审计进行，在一定程度上偏离了领导干部任期经济责任审计的要求，使领导干部任期经济责任审计的质量和实际效果打了折扣。其实，仔细研究，领导干部任期经济责任审计与财政财务收支审计虽有很多方面是相同的，但在审计目的、审计依据、审计内容、审计方法等方面仍存在着区别。
一、审计目标区别
财政财务收支审计的目标在于监督财政财务收支的真实、合法和有效；领导干部任期经济责任审计的目标在于“加强对党政领导干部的管理和监督，正确评价领导干部任期经济责任，促进领导干部勤政廉政，全面履行职责”。 这是一个很大的区别，财政财务收支审计对的是“事”，要通过审计把“事”做得更好，而领导干部任期经济责任审计对的是“人”，要通过审计管理好“人”、使用好“人”，通过管理好“人”、使用好“人”，来把“事”做得更好，这是一个非常大的区别。
二、审计依据区别
国家审计机关开展财政财务收支审计的依据是《审计法》及《审计法实施条例》，是法定的审计任务；开展领导干部任期经济责任审计，依据的是《审计法》、《审计法实施条例》和中共中央办公厅、国务院办公厅制定的《县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》、《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行办法》，是党中央根据我国当前政治经济生活的需要，赋予审计机关的一项新的任务，体现了党和国家对审计机关的信任和我国审计的特色。
对审计结果的评价和处理依据也有区别。财政财务收支审计结果的评价和处理依据是《审计法》和有关财经法规；领导干部任期经济责任审计结果的评价和处理依据是《审计法》和有关财经法规，以及中共中央、国务院制定《暂行规定》和《暂行办法》。
三、审计程序区别
财政财务收支审计由审计机关自主选定审计对象、确定审计计划，然后依之进行。领导干部任期经济责任审计则由组织部门确定审计对象、审计期间、审计工作时间，另有一些事项由领导干部任期经济责任审计协调机构研究决定；审计结果也需与组织部门协调后，再进入审计处理程序。领导干部任期经济责任审计是审计机关与政府有关部门合作开展的审计工作，在审计程序上也充分表现出合作性。
四、审计范围区别
《审计法》规定，“国家审计机关根据被审计单位的财政、财务隶属关系或者国有资产监督管理关系，确定审计管辖范围”，国家审计机关开展财政财务收支审计必须严格遵守这一规定，在《审计法》规定的审计范围内进行审计。对于超出审计范围的延伸审计对象自身存在的问题，一般也不应影响对审计对象的评价。领导干部任期经济责任审计的范围比财政财务收支审计的范围扩大了许多，凡属于被审计的领导干部行政职责管理范围内的，都在审计范围内，这个范围与《审计法》规定的审计范围有可能发生冲突，有突破，比如对集体所有制单位、民营企业的审计。在这个大范围内，审计到的一切问题，都将影响对领导干部个人经济责任的评价。
五、审计内容区别
财政财务收支审计的内容主要针对被审计单位的财政财务收支活动，包括资产、负债、损益，执行预算规定，执行“收支两条线”的规定等，一切都围绕被审计单位的财政财务收支活动这条主线展开；领导干部任期经济责任审计的内容没有统一规定，按目前比较集中的意见，应当在财政财务收支审计的基础上，把以下一些内容包括进来：